Specialista/ka v oblasti datové infrastruktury a služeb (Life Sciences)

Greenfield pozice – možnost postavit výzkumnou datovou platformu od prvních návrhů až po produkční provoz. Hledáme technicky zdatného IT inženýra či IT inženýrku, který/á se bude podílet na budování výzkumné datové infrastruktury od základů. Budete mít možnost významně ovlivnit návrh a rozvoj datové platformy, automatizaci toku experimentálních dat a vývoj systémů, které podporují špičkový výzkum v oblasti molekulární biologie a biomedicíny.

Nejde o běžný vývoj podnikových aplikací – vytváříme infrastrukturu, která propojuje laboratorní přístroje, datová úložiště, repozitáře a výpočetní platformy a umožňuje výzkumníkům a výzkumnicím efektivně pracovat s experimentálními daty. Výsledky vaší práce budou mít přímý dopad na moderní vědecký výzkum.

Budete jedním z prvních technických členů týmu nově vznikajícího Servisního pracoviště správy výzkumných dat a digitálních služeb (Research Data Management and Digital Services). Dostanete prostor ovlivnit technologický směr, navrhovat řešení a postupně převzít odpovědnost za klíčové části celé platformy. Ve spolupráci s vedoucím týmu, data stewardem a výzkumnými pracovníky budete navrhovat a realizovat řešení od architektury až po produkční provoz.

Nově vznikající servisní pracoviště bude zajišťovat institucionální podporu v oblasti správy výzkumných dat a současně koordinovat vybrané digitální nástroje a informační systémy podporující výzkumnou činnost a služby servisních pracovišť. Cílem pracoviště je nastavit jednotné procesy a standardy pro správu výzkumných dat v souladu s principy FAIR, Open Science, požadavky poskytovatelů financování i relevantní legislativou, a zároveň poskytovat podporu při zavádění a rozvoji vybraných výzkumných informačních systémů.

Responsibilities

• podílet se na návrhu a implementaci end-to-end řešení pro sběr a zpracování dat z laboratorních přístrojů
• integrovat heterogenní systémy (laboratorní přístroje, databáze, úložiště a výzkumné platformy)
• navrhovat a udržovat datové modely pro experimentální data a metadata
• vyvíjet backendové integrační služby a REST API
• navrhovat řešení zajišťující spolehlivý a konzistentní přenos dat mezi systémy
• podílet se na architektuře a rozvoji výzkumné datové platformy
• pracovat s velkoobjemovými experimentálními daty (typicky desítky až stovky TB ročně ze sekvenačních a dalších laboratorních přístrojů)

Requirements

• praktická znalost programování v Pythonu
• dobrá znalost Linuxu
• zkušenost s návrhem nebo implementací datových pipeline či integračních řešení
• znalost relačních databází (PostgreSQL, MySQL nebo MariaDB) a SQL
• zkušenost s REST API
• orientace v principech ukládání dat (NAS, NFS, S3-kompatibilní úložiště)
• práce s Git
• praktická znalost Bash; zkušenost s PowerShell je výhodou při integraci laboratorních zařízení provozovaných na platformě Windows
• schopnost analyzovat technické problémy a navrhovat řešení
• angličtina na úrovni umožňující práci s technickou dokumentací a komunikaci s dodavateli

Qualifications

• zkušenost s Dockerem nebo kontejnerizací
• orientace v objektových úložištích (S3, MinIO, Ceph)
• zkušenost s workflow nástroji (Dagster, Airflow, Nextflow)
• znalost vědeckých datových formátů (FASTQ, BAM, CRAM, VCF, FCS, TIFF, OME-TIFF, HDF5)
• zkušenost s LIMS nebo ELN systémy
• zkušenost z výzkumného nebo laboratorního prostředí
• zájem o moderní správu výzkumných dat

Benefits

• možnost budovat výzkumnou datovou infrastrukturu od základů
• významný vliv na návrh architektury a technologických řešení
• práci s moderními technologiemi v oblasti biomedicínského výzkumu
• spolupráci s výzkumníky, bioinformatiky a IT specialisty
• odborný růst a zapojení do mezinárodních projektů
• flexibilní pracovní dobu a možnost občasné práce z domova dle domluvy
• stabilní dlouhodobé výzkumné prostředí
• stravné, příspěvek na důchodové pojištění, příspěvky na dětskou rekreaci, příspěvek na očkování proti chřipce
• sportovní zařízení v areálu (squash, volejbal, basketbal a fitness)

About the role

Tato pozice je vhodná pro Python vývojáře/vývojářku, backend vývojáře/vývojářku, Data Engineer/ku nebo Systémového integrátora/ku, který/á chce pracovat na infrastruktuře pro vědecký výzkum. Nemusíte znát všechny používané technologie – důležité jsou dobré technické základy a chuť učit se. Budete se podílet na návrhu technických řešení, implementaci datových služeb a postupném rozvoji celé platformy.

Očekáváme schopnost samostatně řešit technické úkoly, diskutovat návrhy řešení a aktivně přispívat k návrhu výsledného řešení.

Předpokládaný nástup dle dohody. Možný ihned.